第二十天：说起来，我对表达具有差异的各种基因蛋白的意义有所怀疑，表达上调或者下调的意义其实只是一种马尔科夫序列的选择性表达，我们需要在统计层次得到其大体的分布，这是比较高维的图景。而且不同时期的表达量的变化可能不一定是持续性的，我们目前只是基于不同基因在不同时期的表达量是恒定的假设，这就很可能出现各种假阳性。因为一个相关的基因在表达量上由于各种关系的影响使得其表达比较恒定，这就可以作为一种标记物，而更多的基因的表达模式是周期性变化的，我们只能观察到周期比较大的变化明显的基因表达。也就是说，我们选定的基因要恰好具有以上特点才能跑出比较好的结果，可以视为本征的层次。但其他的基因表达应该是基于这种不动点的分布模式。更简单的表达就是通过这种观测表达量的差异来做逻辑推断与盲人摸象很像。但目前看来这是一种局部最优的解决方案，有一定的概率逼近整体最优，即整体的准确描述。(总比我什么都不知道还瞎说好，人家至少有观测的数据)我现在只能期待我进一步的学习算法可以帮助我突破这种方法论，范式的限制，比如生物信息的bla算法之类的动态规划思想就可能是很好的突破点。
第二十一天：师兄他们之前对这些大鼠施加不同的影响，对照组上正常饮食，实验组是食用腊肠，还有低剂量和高剂量组。经过一段时间一个月，现在要通过各种指标来观测其产生的影响，即需要测量消化系统的不同部位:食道，胃，直肠，结肠，肝的不同指标，分别有做病理切片和部分组织液氮保存，之后去做代谢组分析。希望能够通过这些指标的分析得出结论，即腊肠对人消化系统可能的影响，从而能够指导我们的饮食习惯，而且能够发现可能的代谢通路的变化，为接下来的治疗提供一定的靶点，比如说哪些通路表达上调下调，我们可以拮抗这种变化来治疗。-这种模式我一直都不够满意，但也没有更好的方法。而且这种测量是对细胞内部的表达的变化，相对来说忽略更高层次的细胞间连接乃至组织的相对关系，毕竟后者更难测量，也不够稳定。现在就不考虑这么多了。
第二十二天：在等待电泳的间隙，师兄带我们搜索一些按照机理可能会有相关性的蛋白和骨质疏松的关系，即a可能与bcdef过程相关，而g可能和f过程相关，于是我们就可以在a和g构建可能的关系。比较具体的一个例子是特定基因在骨骼肌的表达，由于骨骼和肌肉是比较一体的(肌肉萎缩和骨质疏松具有一定的相关性)，因此该基因蛋白可能就与骨质疏松相关ref1单纯的理论推导，不确定对错，所以才需要实验来验证)。理论上如果找到这些蛋白是没有被报道过的，那就可能是捡到宝了，当然也可能是别人做不出来所以没有报道，这就是传说中的坑了。于是我们十八般武器齐上，pubr，都弄一下，就等着返回个空白页面了。有点坑的是在pubr找到一大堆，这就好尴尬了。理论上把所有的数据库撸一遍就可以确定下一步的方向了。
1topenia-ure.肌肉萎缩和骨质疏松的相关性，可以启发我们探索一下共同的作用机制
第二十三天：个人的一点小思考:受伤小鼠处于应激状态，其正常的生理功能与一般的机能相比会有一定变化，这需要我们在更大的尺度才能观察理解这些层次的数据，我们目前的科研范式只能理解如同偏导的单变量，对于多变量的同时考虑还需要前者知识的积累。也即是说，废鼠不废，我们只是还没有那个能力和愿望(课题的设立不是探索应激变化)来理解这些数据，总不能还没学会走就想跑吧。毕竟受伤的老鼠可能与其大脑的变化，小鼠的社会形成等等相关，这就可以和神经生物的很多研究相关，但课题做这么大是完不成的，除非是以大数据来弄。-而随着当代计算机技术的发展和基因组等等组学的建立，我们或许能够在整体的网络层次理解这些数据的关系，然后根据一定的分类找到理论上高聚类或者高相关性的对象及其作用，然后我们再在实验层次加以验证这些可能的关系，从而能够建立对生命宏观的理解。看起来和目前的模式是颠倒过来的，这就是生物信息的干实验，最终还是需要目前的湿实验来验证，最终可能会形成一定的均衡吧。毕竟过于偏向一方都是不完整的。-
讨论：
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就我们目前的观点，生物研究的还原论式的思路，即分解为一个个
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